株式投資信託の譲渡益は、給与などの他の所得とは別に損益を計算して確定申告する「申告分離課税」が原則です。申告するべき損益の金額としては、毎年1月1日から12月31日までの1年間のすべての取引について、一つ一つの取引ごとに売却代金から買付代金（申込みにかかった手数料を含めます）を差引いて損益を計算し、すべての取引分を合計します。その結果がプラスであれば、その利益の金額に対して、税率20.315%（所得税・復興特別所得税15.315%、住民税5%）を掛け算して税金額を算出します。また、受取った普通分配金も損益通算することができ、譲渡損益がマイナスであれば、分配金で源泉徴収された税金が返還されることになります。

一般口座での取引では、販売会社から交付される取引報告書などから計算した損益金額を所定の申告書に記入して提出します。税務署の窓口での申請のほか、国税庁のホームページから電子的に申告書が作成でき、また、一定の手続きを行えば電磁的に申告する納税システム（e-Tax）も利用できます。

個々の取引の損益計算、全取引の通算といった計算は面倒です。そこで、確定申告を簡単にできるようにするために、証券会社や銀行など投資信託の販売会社は「特定口座」のサービスを提供しています。特定口座には、「源泉徴収なし」口座と「源泉徴収あり」口座があります

「源泉徴収なし」口座で取引をすると、確定申告のために必要な計算を販売会社が行い、その結果を「年間取引報告書」にまとめて交付してくれます。その報告書を見ながら、申告書の所定の場所に数字を転記すれば、簡単に申告手続きをすることができます。

「源泉徴収あり」口座で取引をすると、自動的に損益通算と納税が行われますので、確定申告をする必要がありません。ただし、確定申告をした方が税務上のメリットがある場合、確定申告をすることもできます。この口座でも年間取引報告書が交付されますので、申告は簡単にできます。

特定口座の「源泉徴収あり」で取引をしている場合は確定申告をする必要がありませんが、申告した方が税務上有利となる場合があります。それは、「損失が出ている時」です。源泉徴収では、利益が出ている時は徴収され、損失の場合は非課税ではあってもその損失を有効に（節税に）使うことができません。次のような場合には、確定申告をするとよいでしょう。

今年の損益通算でマイナス（損失）になった場合、申告をしなければ今年は非課税で終了しますが、申告をすればその損失を翌年に繰越すことができます。つまり、翌年の売買結果がプラス（利益）だった場合に、その利益の金額から今年の損失を差引くことができ、翌年の税金の節約になるのです。また、今年の損失が大きく、翌年の利益から引いてもまだ損失が残る場合は、さらにその翌年にも繰越すことができます。この繰越しは最大3年間できますが、複数年繰越す場合、初年度だけでなく毎年確定申告をします。

特定口座「源泉徴収あり」は、あくまでも、その販売会社一社で取引した分だけの通算になります。A社では利益だったけれども、B社では損失となった場合、確定申告をするとA社の利益からB社の損失を差引くことができます。

給与が年間2,000万円以下であり、その他の分配金などの所得が20万円以下の場合は、分配金の確定申告をする必要がありません。ただし、譲渡損が出ている場合、確定申告をすれば、分配金の収入からその損失を差引くこと（損益通算）が可能となり、税金が還付されます。

また、分配金を総合課税として申告すれば、所得の合計金額によって、所得税で配当所得の10％または5％、住民税で2.8％または1.4％の配当控除を受けられます。これは、課税所得が330万円以下、配当所得等の合計が38万円以下の場合にメリットがあると言われていますが、配偶者控除の対象から外れたり、各種手当が停止されたりする可能性があるので注意してください。総合課税での取扱などは、各人の所得状況や家族構成などによって、メリットになるかデメリットになるかが変わってきますので、税理士や管轄の税務署など専門家に確認した方がよいでしょう。

なお、分配金の申告で、損益通算をするのか配当控除を受けるのかは、どちらかの選択となります。