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投資信託の収益分配金（分配金）には、20.315％（所得税15.315％、住民税5％）の税金がかかります。ただし、払出された分配金額の全額に対してかかるのではなく、その投資家にとって利益となっている部分には課税、利益となっていない部分には非課税というシステムが採られています。利益となっている部分は「普通分配金」、利益となっていない部分は「特別分配金」または「元本払戻金」と呼ばれます。
ファンド全体で利子・配当などの収入や値上がりがあれば、分配金がすべてのファンド保有者に一律の金額が払出されます。しかしながら、基準価額（ファンドの時価）が毎日変動するため、購入した時期、買付価額によって利益となっている人、損失となっている人がいます。そこで、投資家ごとに、収益となっているか否かを区別して課税される制度になっています。
投資家ごとの、そのファンドの買付価額を「個別元本」と呼びます。購入した回数が1回だけであればその時の基準価額が個別元本となりますが、同じファンドを2回、3回と追加で購入することもあるでしょう。その場合は、加重平均して個別元本が計算されます。計算式は、次のようになります。
（ 追加購入前の個別元本×口数 ＋ 追加購入した基準価額×口数 ）÷ 追加購入後の保有口数
なお、販売手数料やそれにかかる消費税などは含まずに計算されます。要するに個別元本とは、そのファンドを単位口数（一般に1万口）買うために、投資家が払った投資元本の金額を表わしています。個別元本は、投資家が自分で計算しなくても、証券会社など販売会社から提供される取引報告書等に記載されています。そして、分配金が払出された時点（決算日）の基準価額と個別元本を比較することで、利益がいくらで払戻し分がいくらかが計算されます。
分配金を払出した後（分配落ち後）の基準価額と個別元本を比較した結果、その大小関係によって、次のように分配金は区分けされます。
この場合、払出された分配金の全額が利益分として「普通分配金」となります。
この場合は、次に2つのケースがあります。
（B-1）分配落ち後の基準価額に分配金を加算しても、個別元本よりも低い場合
全額が「元本払戻金（特別分配金）」となります。
（B-2）分配落ち後の基準価額に分配金を加算すると、個別元本よりも高くなる場合
分配金のうち、個別元本から分配落ち後の基準価額を差引いた部分が「元本払戻金（特別分配金）」であり、残りの部分が「普通分配金」です。
例えば、分配金2,000円、分配落ち後（決算日当日）の基準価額が10,000円となったファンドがあるとします。それぞれ、Aさんの個別元本が9,000円、B-1さんが13,000円、B-2さんが11,000円だった場合は、次のようになります。
→ 2,000円全額が普通分配金
(B-1) 分配落ち後の基準価額10,000円＋2,000円 ＜ 個別元本13,000円
→ 2,000円全額が元本払戻金（特別分配金）
(B-2) 分配落ち後の基準価額10,000円＋2,000円 ＞ 11,000円
→ 2,000円のうち1,000円（個別元本11,000円－基準価額10,000円）が普通分配金
残りの1,000円が元本払戻金（特別分配金）
| 普通分配金 | ２，０００円 | ０円 | １，０００円 | 元本払戻金 （特別分配金） |
０円 | ２，０００円 | １，０００円 |
|---|
このように、普通分配金は投資金額（個別元本）に対してプラスになった部分であり、純粋な利益とみられることから20.315％（所得税15.315％、住民税5％）の税金がかかります。一方、元本払戻金（特別分配金）は、文字通り、元本の払戻しに相当するため利益とはいえず、非課税となっています。
因みに、上記各ケースの分配金手取り額は、次の通りとなります。
分配金額 －（ 普通分配金 × 税率 ） ＝ 手取り額
(B-1) 2,000円 － （ 0円 × 20.315％）＝ 2,000円
(B-2) 2,000円 － （ 1,000円 × 20.315％）＝ 1,797円
そして、この分配金が出た後、元本払戻金（特別分配金）を受取った投資家の個別元本は、その分だけ下がります。(B-1)は11,000円（13,000円－2,000円）が、(B-2)は10,000円（11,000円－1,000円）が、それぞれ新しい個別元本となります。
この制度ができる以前は、そのファンドを購入した投資家全員の購入平均単価を全員の購入価格（平均信託金）とみなし、全員に一律に課税していました。その方法では、ファンドが値下がりした時に買う人が多くい場合、つまり平均信託金が基準価額よりも低いと、たまたま高い値段で購入してしまった投資家も一律に課税されてしまいました。その不都合、不公平感を解消するために、「普通分配金」「元本払戻金（特別分配金）」と分ける個別元本方式が導入されたのです。
なお、個別元本方式（普通分配金・特別分配金の区分）による課税は、投資信託のなかでも自由に購入・解約（換金）が可能な追加型・株式型投資信託という型のファンドが対象です。単位型（運用開始後の購入ができないタイプ）と公社債投資信託（株式の組入れができないファンド）については、分配金全額に対して20.315％が一律に課税されます。現在、外国債券に投資するファンドを含めて、ほとんどが追加型・株式投資信託に属しますが、念のため、保有するファンドの属性を投資信託説明書（目論見書）などで確認してください。